Ninja Assassin ติดตามไรโซ่ (เรน) หนึ่งในบรรดามือสังหารมือพระรอยดำของโลก เขาโดนจับตัวไปตั้งแต่ยังเด็ก และก็ถูกผลิตให้กลายเป็นมือสังหารมือโปรโดย โอซูนุ แคลน กับกรุ๊ปลับที่เช้าใจกันว่ามีเพียงแต่ในเรื่องสืบๆกันมา แต่เขาถูกหลอนด้วยการที่แคลนสังหารเพื่อนพ้องของเขาอย่างใจร้าย ไรโซ่จึงหนีพวกเขาไปสู่อิสรภาพและก็ล่องหนไป ขณะนี้เขาคอย และก็ตระเตรียมที่จะลงมือแก้แค้น
ในเบอร์ลิน สายลับยูโรโพล มิค่า คอเรตติเตียน (นาโอมี แฮร์ริส) สะดุดเข้ากับร่องรอยของเงินที่โยงการฆาตกรรมทางด้านการเมืองเข้ากับเครือข่ายใต้ดินของพวกมือสังหารที่ไร้ร่องรอยจากตะวันออกไกล มิค่าท้าคำสั่งของไรอัน แมสโลว์ (เบน ไมล์ส) ซึ่งเป็นผู้สั่งการ คุณขุดลึกลงไปในแฟ้มลับสุดยอดเพื่อได้ทราบถึงความเป็นจริงเบื้องหน้าเบื้องหลังการฆาตกรรม การพิสูจน์ที่ทำให้คุณตกเป็นวัตถุประสงค์ และก็โอซูนุ แคลนส่งกลุ่มมือสังหาร ซึ่งนำโดยทาเคชิ (ริค ยูน) มาเพื่อปิดปากคุณตลอดไป ไรโซ่ช่วยมิค่าจากบรรดาผู้ประทุษร้าย แต่เขารู้ว่าแคลนจะไม่มีวันหยุดนิ่งจวบจนกระทั่งเขาทั้งสองจะถูกกำจัด ด้วยชีวิตที่แขวนอยู่กับเกมแมวไล่หนูตามถนนของยุโรป ไรโซ่และก็มิค่าจำเป็นจะต้องเชื่อใจกันและกันหากยังหวังจะเอาชีวิตรอด …และก็โค่นล้มโอซูนุ แคลนผู้ลึกลับลงให้เสร็จ
